Publications

Date de révision : Janvier 2024

Merci à toutes les familles d’avoir participé à Simons Searchlight. Grâce à votre participation, nous souhaitons aider les chercheurs et les généticiens du monde entier à comprendre les maladies génétiques qui vous affectent ou qui affectent votre famille.

Les recherches menées à partir des données de Simons Searchlight ont donné lieu à de nombreuses publications. Ces documents sont soumis à un processus d’examen par les pairs, dans le cadre duquel d’autres scientifiques évaluent et valident les recherches avant leur publication dans des revues scientifiques. En outre, certains résultats sont partagés par le biais de préimpressions, ce qui permet une diffusion rapide de l’information à la communauté scientifique.

De nombreuses publications portent le nom de “Simons Variation in Individuals Project” (SimonsVIP), qui était le nom original de notre programme de recherche, désormais connu sous le nom de Simons Searchlight.

Les articles sont classés par ordre chronologique, du plus ancien au plus récent. Vous pouvez explorer les publications par conditions génétiques spécifiques en utilisant les catégories ci-dessous.

En avril 2024, Simons Searchlight aura contribué à 98 publications et prépublications, et nous continuerons à résumer les nouvelles publications.

Pour des raisons d’accessibilité, la Fondation Simons encourage les chercheurs à mettre leurs publications en libre accès. Si vous ne pouvez pas accéder à un article de revue, nous vous recommandons de contacter le dernier auteur mentionné dans l’article pour lui demander une copie.

Comprendre les titres de référence des publications :

-Le titre de l’article est suivi des détails de la publication, y compris le lieu et la date de publication.
– S’il y a plus de trois auteurs, nous utilisons “et al.” pour représenter les contributeurs supplémentaires.
– Les revues sont référencées à l’aide de noms abrégés.

Avertissement : veuillez noter que les articles publiés sur medRxiv (prononcé med-archive) ou bioRxiv (prononcé bio-archive) ne font pas l’objet d’un examen par les pairs ou d’une révision avant d’être publiés en ligne. En revanche, tous les autres articles répertoriés ici ont fait l’objet d’un examen par des collègues chercheurs afin d’en garantir la qualité et l’exactitude. Bien que la publication sur medRxiv ou bioRxiv permette aux chercheurs de partager rapidement leurs résultats, les résultats finaux publiés peuvent différer après avoir été soumis à un examen formel par des pairs en vue d’une publication dans une revue.

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91 Publications
La dysrégulation de la signalisation mTOR est à l'origine de défauts communs de neurites et de migration dans les cellules précurseurs neurales de l'autisme idiopathique et de l'autisme dû à la délétion de 16p11.2.
  • Show MoreL'objectif de cette recherche était de déterminer s'il existe des similitudes au niveau du développement du cerveau entre les personnes atteintes d'autisme ayant une cause génétique et les personnes atteintes d'autisme n'ayant pas de cause génétique identifiée.
  • Les participants atteints d'autisme sans cause génétique connue ont été invités à participer à l'étude. L'étude incluait également des participants de Simons Searchlight présentant une délétion du gène 16p11.2. Des échantillons biologiques ont été prélevés sur tous les participants. Des échantillons ont également été prélevés sur les frères et sœurs des participants qui n'étaient pas atteints d'autisme. Les cellules des participants ont été transformées en cellules cérébrales qui ont pu être étudiées en laboratoire.
  • Les chercheurs ont constaté que les cellules cérébrales de laboratoire des participants présentant la délétion 16p11.2 se développaient et se déplaçaient différemment des cellules cérébrales de laboratoire de leurs frères et sœurs, qui ne présentaient pas la délétion. Les cellules présentant la délétion 16p11.2 étaient plus semblables aux cellules des participants atteints d'autisme sans cause génétique. Ces résultats suggèrent que l'autisme pourrait se développer selon un processus de développement commun.
  • Cependant, les chercheurs ont constaté certaines différences entre les cellules présentant une délétion du gène 16p11.2 et les cellules de participants atteints d'autisme sans cause génétique. Ils ont pensé que ces différences pouvaient être dues à la capacité des cellules à répondre aux facteurs de communication.
  • Show LessLes chercheurs ont découvert qu'un contrôle étroit du processus de communication cellulaire - ni trop, ni trop peu - est très important pour le développement du cerveau.
bioRxiv Préprint, (2022)
Prem et al.
Full Article

16p11.2 délétion
2022

L'apprentissage automatique contrastif révèle la structure des variations neuroanatomiques dans l'autisme
  • Show MoreCes chercheurs ont utilisé l'imagerie cérébrale et des logiciels informatiques pour identifier les structures cérébrales des personnes autistes. Ils ont utilisé l'ensemble de données d'imagerie par résonance magnétique (IRM) Autism Brain Imaging Data Exchange I (ABIDE I) de 470 personnes atteintes d'autisme pour créer les principales théories d'imagerie. Ils ont comparé l'imagerie des personnes autistes à 512 images de personnes non autistes.
  • Les chercheurs ont ensuite utilisé 121 images provenant des données de Simons Searchlight 16p11.2 pour valider ce qu'ils ont trouvé et voir s'ils pouvaient identifier les personnes ayant un diagnostic d'autisme.
  • Les chercheurs ont remarqué des variations dans les structures cérébrales des individus et que certaines parties du cerveau sont plus difficiles à imager que d'autres. Ils ont constaté que les structures cérébrales spécifiques à l'autisme sont différentes selon l'âge, de sorte que les comparaisons devraient être faites au sein des groupes d'âge, et non entre les âges. Ils ont également noté qu'en raison de la grande diversité des cerveaux, il est difficile de savoir quelles différences sont dues à des variations normales du cerveau et quelles différences sont dues à l'autisme. Il convient donc d'étudier les mêmes cerveaux au fil du temps pour savoir comment ils se développent.
  • Leur modèle informatique a permis d'identifier les structures cérébrales spécifiques à l'autisme et de les relier aux caractéristiques cliniques des participants, telles que les comportements répétitifs et les comportements adaptatifs. Les chercheurs ont utilisé les données de Simons Searchlight pour confirmer les résultats de leurs données ABIDE I.
  • Show LessCette recherche a bénéficié d'une subvention de la Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI).
La science 376, 1070-1074 (2022)
Aglinskas et al.
Full Article

16p11.2 délétion
16p11.2 duplication
2022

Les CPN autistiques de patients idiopathiques et de patients présentant une délétion du gène 16p11.2 présentent une dysrégulation de la prolifération et des réponses mitogéniques.
  • Show MoreLa majorité des personnes diagnostiquées autistes ont une cause génétique connue pour leur autisme, également appelé autisme idiopathique. Seule une personne sur cinq reçoit un diagnostic génétique associé à son autisme.
  • L'objectif de cette recherche était de comprendre pourquoi certaines personnes atteintes d'autisme idiopathique ont une tête plus grande que la moyenne et d'autres non. Pour ce faire, les chercheurs ont utilisé des cellules souches pluripotentes induites (iPSC) fabriquées à partir de participants présentant une délétion 16p11.2, car les personnes présentant cette délétion ont tendance à avoir une taille de tête supérieure à la moyenne. Les iPSC sont un type particulier de cellules qui peuvent être transformées en d'autres cellules du corps, ce qui facilite l'étude de parties du corps difficiles à étudier, telles que les cellules du cerveau.
  • Deux des iPSC, provenant de participants à Simons Searchlight présentant une délétion 16p11.2, ont été transformées en cellules cérébrales en laboratoire. Les chercheurs ont également étudié des iPSC provenant de trois familles participant à l'étude New Jersey Language and Autism Genetics Study et de deux personnes non autistes provenant des National Institutes of Health (NIH).
  • Ce document résume les informations cliniques et intellectuelles sur les participants.
  • Chez tous les participants atteints d'autisme idiopathique, des problèmes de contrôle de la croissance cellulaire ont été observés. Deux participants présentaient une diminution du nombre de cellules capables de croître, et un participant présentait une croissance cellulaire excessive. Tous les participants présentant une délétion du gène 16p11.2 avaient une croissance cellulaire accrue.
  • Les chercheurs ont testé toutes les cellules pour voir s'il existait des voies génétiques similaires à l'origine des problèmes de croissance cellulaire. Ils ont constaté que les cellules des participants atteints d'autisme idiopathique présentaient différents modèles de marqueurs génétiques. Les cellules des participants présentant une délétion du gène 16p11.2 présentaient des schémas génétiques similaires.
  • Show LessLes chercheurs ont suggéré que l'excès ou l'insuffisance de mécanismes neurodéveloppementaux contribue au développement de l'autisme.
Cellules souches Rep 17, 1380-1394 (2022)
Connacher et al.
Full Article

16p11.2 délétion
2022

Identification de gènes pilotes spécifiques à un type de cellule dans les loci de nombre de copies associés à l'autisme à partir d'organoïdes cérébraux
  • Show MoreL'objectif de cette recherche était d'étudier quels gènes sont activés et désactivés dans les différents types de cellules du cerveau chez les personnes présentant une variante du nombre de copies (CNV). Un CNV se produit lorsqu'il y a un changement dans une section de l'ADN qui entraîne la suppression ou la duplication d'un ou de plusieurs gènes. La délétion du gène 16p11.2 est un exemple de CNV.
  • Les chercheurs ont utilisé des cellules souches pluripotentes induites (iPSC) de a) neuf participants de Simons Searchlight présentant une délétion 16p11.2, b) quatre participants présentant une duplication 15q11-13, et c) douze participants sans changement génétique provenant d'une autre biobanque. Les iPSC ont été utilisés pour créer des mini-cerveaux en laboratoire. Les chercheurs sont capables de fabriquer des mini-cerveaux qui communiquent entre eux, comme le fait un cerveau humain, mais les mini-cerveaux sont moins complexes que les cerveaux humains.
  • L'étude des CNV est difficile car les personnes porteuses d'un CNV ont plusieurs gènes supprimés ou dupliqués. Il est donc difficile de savoir quels gènes pourraient affecter les différentes parties du développement humain.
  • Les chercheurs ont mis au point un nouveau processus pour séquencer et analyser les cellules individuelles des mini-cerveaux. Ils ont utilisé une technique appelée CRISPR/Cas9 pour modifier les cerveaux et confirmer leurs découvertes génétiques.
  • Les chercheurs ont trouvé trois gènes dans la région 16p11.2 qui pourraient affecter le développement des cellules cérébrales. Il s'agit des gènes YPEL3, KCTD13 et INO80E.
  • Show LessCette recherche a bénéficié d'une subvention de la Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI).
Nat Commun 13, 3243 (2022)
Lim et al.
Full Article

16p11.2 délétion
16p11.2 duplication
2022

Les préférences diagnostiques incluent une discussion sur l'étiologie pour les adultes atteints de paralysie cérébrale et leurs soignants.
  • Show MoreLes enfants et les adultes qui reçoivent un diagnostic de paralysie cérébrale sont diagnostiqués avec un problème moteur. La paralysie cérébrale est un trouble du mouvement non progressif, et le diagnostic ne vous indique pas l'origine du problème. De nombreuses conditions génétiques peuvent être à l'origine de problèmes de paralysie cérébrale.
  • Les chercheurs ont expliqué qu'il existe une certaine controverse parmi les médecins quant à l'établissement d'un diagnostic de paralysie cérébrale lorsque l'affection est associée à une origine génétique. Ce n'est pas le cas pour l'autisme ou l'épilepsie, qui font également l'objet d'un diagnostic médical et peuvent être d'origine génétique.
  • Les chercheurs ont interrogé des personnes ayant reçu un diagnostic d'infirmité motrice cérébrale et leurs soignants afin de comprendre leurs sentiments à l'égard de cette maladie neurodéveloppementale.
  • Les chercheurs ont envoyé leur enquête aux personnes faisant partie du réseau de recherche sur la paralysie cérébrale (Cerebral Palsy Research Network) et de Simons Searchlight. Cela incluait 16 groupes dans Simons Searchlight : délétion 16p11.2, délétion 1q21.1, ADNP, ASXL3, CHAMP1, CSNK2A1, CTNNB1, DYRK1A, GRIN2B, HIVEP2, PPP2R1A, PPP2R5D, PCHD1, SCN2A, STXBP1, et SYNGAP1.
  • Il y a eu 197 participants, et l'enquête a été envoyée entre décembre 2019 et mai 2020.
  • Il est important de noter que la plupart des participants n'avaient pas de diagnostic génétique associé à leur paralysie cérébrale et que la cause la plus fréquente de la paralysie cérébrale dans ce groupe était une lésion cérébrale. Seule la moitié des personnes ayant participé à cette étude ont été informées de l'origine de leur paralysie cérébrale.
  • Trois participants sur quatre ont déclaré qu'ils appréciaient de connaître la cause de leur paralysie cérébrale. De nombreux participants ont apprécié le fait d'avoir un diagnostic de paralysie cérébrale plutôt qu'un diagnostic génétique, car cela leur a permis d'anticiper l'évolution de leurs symptômes, d'expliquer leurs symptômes aux autres, d'avoir accès à des services et de comprendre la cause de leurs symptômes.
  • Les chercheurs ont constaté que les personnes atteintes d'infirmité motrice cérébrale et leurs soignants préféraient dans l'ensemble recevoir un diagnostic génétique et un diagnostic d'infirmité motrice cérébrale.
  • Show LessCette recherche a bénéficié d'une subvention de la Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI).
Dev Med Child Neurol 64, 723-733 (2022)
Aravamuthan et al.
Full Article

16p11.2 délétion
ADNP
ASXL3
CHAMP1
CSNK2A1
CTNNB1
délétion 1q21.1
DYRK1A
GRIN2B
HIVEP2
PCHD1
PPP2R1A
PPP2R5D
SCN2A
STXBP1
SYNGAP1
2022

Phénotypes neurodéveloppementaux associés à des variantes pathogènes de SLC6A1
  • Show MoreIl s'agit de la première publication sur le SLC6A1 qui inclut les données de Simons Searchlight.
  • SLC6A1 signifie solute carrier 6 family member 1, et il est important pour les cellules cérébrales de recevoir des signaux d'autres cellules cérébrales. Les modifications du gène SLC6A1 entraînent généralement des crises d'épilepsie. Les crises les plus courantes sont les crises d'absence.
  • Les chercheurs ont étudié 28 participants à Simons Searchlight présentant une variante génétique pathogène ou probablement pathogène du gène SLC6A1. Ces résultats s'ajoutent aux 116 personnes présentant des variantes génétiques du SLC6A1 qui ont été publiées à ce jour dans la littérature médicale.
  • Dans cette étude, la plupart des variantes génétiques étaient de novo, c'est-à-dire un changement aléatoire qui se produit chez l'enfant. Cependant, certaines variantes génétiques ont été héritées d'un parent.
  • La plupart des participants présentaient des crises d'épilepsie, un faible tonus musculaire, des problèmes de langage ou des retards d'élocution, une déficience intellectuelle ou un retard de développement, et des problèmes de motricité globale.
  • Parmi les caractéristiques médicales moins courantes chez les participants, citons l'autisme, les troubles du mouvement, les problèmes de sommeil et une grande tolérance à la douleur.
  • Show LessCette recherche a bénéficié d'une subvention de la Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI).
J Med Genet 59, 536-543 (2022)
Kahen et al.
Full Article

SLC6A1
2022

Profil neurodéveloppemental du trouble lié à HIVEP2
  • Show MoreIl s'agit de la première publication sur HIVEP2 qui inclut les données de Simons Searchlight.
  • Cette étude a porté sur 12 enfants âgés de 3 à 13 ans présentant une variante génétique pathogène ou probablement pathogène du gène HIVEP2. Cette étude permet d'enrichir les connaissances sur HIVEP2, puisque seules 14 personnes ont été décrites dans le cadre de la recherche médicale.
  • Les chercheurs ont constaté que 3 enfants sur 12 souffraient de crises d'épilepsie, que la moitié des enfants étaient autistes et que tous présentaient une déficience intellectuelle. De nombreux enfants souffraient de troubles du langage et de reflux gastro-œsophagien, et la plupart d'entre eux avaient un faible tonus musculaire. Les détails de toutes les caractéristiques médicales observées chez ce groupe d'enfants sont présentés dans un tableau de l'article.
  • Les chercheurs ont suggéré qu'une augmentation des symptômes de l'autisme était associée à un fonctionnement adaptatif plus faible chez les personnes porteuses d'une variante génétique du gène HIVEP2. Le fonctionnement adaptatif fait référence à la manière dont une personne gère les exigences courantes de la vie quotidienne. Les chercheurs ont également suggéré que l'autisme était sous-diagnostiqué chez les personnes présentant une variante génétique HIVEP2.
  • Show LessCette recherche a bénéficié d'une subvention de la Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI).
Dev Med Child Neurol 64, 654-661 (2022)
Mo et al.
Full Article

HIVEP2
2022